Brata izvajata prepovedano alkimično tehniko človeške transmutacije, da bi jo obudila, ko Trisha umre zaradi kuge. Posledica tega je, da se transmutacija izjalovi in v zakonu z enako izmenjavo sta leva noga in Alphonsevo celotno telo Edwarda uničena. Edward izgubi desno roko, da bi rešil Alphonseovo dušo in jo s krvnim pečatom zaklenil v oklep. Roy Mustang povabi Edwarda, da postane metoda za obnovitev Alphonsovega telesa, ki ga bo raziskal državni alkimist. Edward zmaga in postane ime glede na svoje protetične okončine, Alkimist iz polne kovine.
Tri leta kasneje Elrici iščejo legendarni kamen modrosti, da bi uresničili svoje cilje. Marcoh pošlje svoje zapiske, da jih najdejo, vendar izvejo, da so človeške žrtve bistveni dejavnik za resnično izdelavo kamna. Prijateljica Mustanga, Maes Hughes, nadaljuje z njihovimi raziskavami, vendar je ustreljena s prikrito zavistjo, ker je odkrila strategije Homunkulov.
Ko se vidijo z Izumi, Elricovi izvedo, da je ona zagrešila človeško transmutacijo svojega mrtvorojenega otroka. Prevarantski homunkulus Greed ujame Alphonsea, vendar ga reši Amestrisov predsednik King Bradley, ki deluje kot homunkulus Wrath. Pohlep se tako stopi in ga ponovno absorbira začetnik Oče homunkulov. Winry in Elricovi se vrnejo v Central City, da gredo k Hughesu, vendar izvedo za njegovo smrt. Poročnico Mario Ross obtožijo Hughesovega umora, vendar jo je očitno ubil Mustang. Vendar Edward izve, da je bil Rossov odhod zrežiran, da bi jo lahko Mustang pretihotapil iz Združenih držav v Xing, pri čemer mu je pomagal princ Xingese Ling Yao. Hohenheima ponovno združi Edward, vendar ga prezira zaradi njegove dolge odsotnosti v rezidenci.
Ko pripoved napreduje, se protagonisti vedno znova srečujejo s Homunculi. Mustang ubija poželenje; Mustang in Ling ujameta Požrešnost, vendar na koncu zaužije Envy v svoj ničelni in Edward, Lingu podoben trebuh. Požrešnost popelje Alphonsea na srečanje z očetom, toda Ling se spremeni v homunkulusa, natančneje v najnovejšega avatarja Pohlepa, ko ostali pobegnejo iz trebuha Požrešnosti. Elrici so izpuščeni, da nadaljujejo z zasledovanjem pod pogojem, da jim oče ne nasprotuje.
General Olivier Armstrong je pri iskanju podzemnega tunela pod Briggsom ugotovil, da Oče in Elricovi ustvarjajo nacionalno skupino za transmutacijo in namerava dati svojim državljanom, da bi se lahko povzpel do božanstva. Pohlep, ki si opomore, izda očeta in spomine svojega prejšnjega jaza ter se združi s popotniki in Edwardom, kimerskimi služabniki Kimbleeja Hohenheima. Hohenheim svojim sinovoma posamično razkrije, da ni smrtnik, saj ga je oče štiristo let nazaj spremenil v živi kamen modrosti.
Prihaja dan obljube in oče se pripravlja na začetek svoje strategije, pri čemer ima mrk in tiste, ki so poskusili človeško transmutacijo, kot njegove bistvene žrtve. Različni protagonisti se spopadajo z očetovimi služabniki, pri čemer vsi homunkuli potečejo. Po prisilnem Mustangu, pa tudi Elrics, Izumi, Hohenheim so zbrani kot vzroki, zaradi katerih oče aktivira nacionalno transmutacijo. Kljub temu Scar in Hohenheim aktivirata Amestre, da bi jih rešili s protiukrepi. Pohlep je uničil oče, čeprav se oče sooča z zemljo, kjer se protagonisti borijo z njim, da bi uničili njegov kamen modrosti.
Alphonse, čigar oklep je skoraj uničen v zadnjem spopadu z Očetom, da svoj duh, da bi si povrnil desno roko, ta pa uniči Očetov kamen in ga pošlje nazaj do eteričnih Vrat resnice Edwarda. Edward izgubi svojo moč izvajati alkimijo, da bi obnovil dušo in Alphonseovo telo. Hohenheim vidi grob, kjer umre, in se nasmehne Trishi.
