Srednja šola mrtvih je postavljena na današnjo Japonsko, začenši s smrtno pandemijo, ki ljudi spremeni v zombije, ki jih od glavnih junakov evfemistično imenujejo "Jih" (?? Yatsura?).
Zgodba sledi številnim srednješolcem (pa tudi medicinski sestri), ko se spopadajo s svetovnim katastrofalnim dogodkom, imenovanim "izbruh". Prav tako se morajo soočiti z nadaljnjimi tveganji družbenega padca v vrsti nevarnih preživelih in morebitnim propadanjem njihovih posebnih moralnih kodeksov, ko igralska zasedba poskuša preživeti zombi apokalipso. Začenši v HS učenci pobegnejo v mesto, kjer se morajo spoprijeti z njegovimi učenci in umazanim učiteljem. Dobijo psa in majhno deklico ter ocenijo preživele v njihovih hišah. Potem se končno odpravijo do osnovne šole, ki naj bi bila varno območje, gredo skozi policijsko postajo in nazadnje v nakupovalnem središču.
